Sebagai bagian dari unit garapan Yayasan Boedihardjo Sastrohadiwirjo, maka falsafah pendirian Akademi ini tidaklah terlepas azas Yayasan Boesas yaitu Pancasila dan Undang-undang Dasar 1945. Oleh karena itu, falsafah pendirian AMIK Wahana Mandiri juga sejalan dengan salah satu maksud yayasan, yakni membantu masyarakat untuk menambah kecerdasan dan kemakmuran agar berguna bagi Nusa Bangsa dan ke-Tuhan-an Yang Maha Esa. Oleh sebab itu AMIK Wahana Mandiri merumuskan falsafah tersebut diatas adalah:

Dengan jalan meningkatkan kehidupan masyarakat serta mengembangkan ilmu pengetahuan, maka AMIK Wahana Mandiri diharapkan dapat membantu untuk membawa masyarakat Indonesia kepada kebahagiaan dunia dan akhirat yang diridhoi oleh Allah SWT dalam usaha pelaksanaanya AMIK Wahana Mandiri akan menjadikan Pancasila sebagai landasan idiilnya, Undang-undang Dasar 1945 sebagai landasan konstitusionalnya, dan ke-Tuhan-an Yang Maha Esa sebagai landasan spiritualnya.